Glutenintolerantie en coeliakie worden in de volksmond soms door elkaar gebruikt. Toch zit er een groot verschil in. Bij een glutenintolerantie reageert het lichaam op een bepaalde stof (allergeen) van buiten het lichaam, namelijk het eiwit gluten. Het lichaam kan wel een beetje gluten verdragen. Coeliakie is geen allergie voor gluten, maar een auto-immuunziekte. Het lichaam kan helemaal geen gluten verdragen en er treedt schade op in de darmen als er wel gluten worden gegeten.